Эта соляная гладь образовалось 40-50 тысяч лет назад на месте так называемого Хвалынского (Арало-Каспийского) моря. Непосредственная котловина озера была образована в результате гравитационных тектонических процессов разлома земной коры, благодаря чему морская вода отложила в этом озере огромнейшее количество минеральных солей. 16 февраля 1747 года Ея Императорское Величество Самодержица Всероссийская Елизавета Петровна своей царственной рукой подписала указ - о добыче соли на озере Эльтон.

В 1882 году промысел на озере был прекращен в связи с тяжелыми условиями добычи в жарких климатических условиях и из-за слишком высоких показателях минерализации эльтонской соли, и новую соляную добычу продолжили недалеко от этих мест - на солёном озере Баскунчак. Со временем слава Эльтона как всероссийской соляной кладези стала постепенно затихать, зато в народе широко распространилась весть о лечебных свойствах чудодейственного озера, которое излечивает бесплодие и простатит, и ряд серьезных хронических заболеваний, и в эти дальние края ринулись страждущие со всей страны. Так прибывшие в Приэльтонье ученые заметили, что местные киргизы лечили все свои болезни эльтонской грязью, выкапывая углубления в прибрежных пластах, после чего обмывались в соляной водной рапе озера.